Casey Stoner ha iniziato la stagione come molti si attendevano: vincendo. Nell'ormai classico appuntamento notturno di Losail il pilota del team Ducati Marlboro si aggiudica un'incontestabile vittoria, la terza consecutiva in questo circuito, trovando subito la leadership del campionato 2009.

Una serie di risultati di livello in Giappone, Jerez e Le Mans precedono il secondo trionfo dell'anno che giunge in Italia. Una vittoria storica per l'australiano e per Ducati, mai sul primo gradino del podio sul circuito di casa per eccellenza.

Nelle seguenti uscite, in particolare a Barcellona e Olanda i problemi fisici di Stoner iniziano a complicare la situazione dell'ex Campione del Mondo, che termina stremato entrambe le gare nonostante il terzo posto in entrambe. Dopo la sfortunata uscita inglese di Donington, dove un'errata scelta di pneumatici lo condanna alla 14ª piazza, il pilota di 23 anni decide di ritirarsi per tre GP e recuperare la forma perduta. La controversa decisione mette fuori causa l'australiano nella corsa per il titolo.

Al rientro nella competizione Stoner esibisce una forma eccezionale. In Portogallo chiude secondo nonostante i due mesi di inattività e due settimane dopo è vittoria tra le curve amiche di Phillip Island, dove tra l'altro recupera la terza posizione mondiale ai danni di Pedrosa. La settimana successiva la storia non cambia e in Malesia arriva anche la quarta W della stagione.

Con questi precedenti, il pilota di Southport si presenta alla gara di Valencia con i favori del pronostico e le sessioni libere e di qualifica sembrano confermare questa sensazione. La gara però ha tutt'altri piani per l'australiano che nel giro di riscaldamento cade e non può prendere il via dell'ultimo GP. Pedrosa vince e torna terzo mentre il pilota Ducati chiude il gruppo dei fantastici 4, con la sensazione che nel 2010 tornerà ad essere l'uomo da battere insieme a Rossi.